La Fédération indépendante des syndicats autonomes (FISA) est une organisation démocratique apolitique et indépendante regroupant plus de 90 syndicats complètement autonomes comptant plus de 8 000 travailleuses et travailleurs. L'expertise syndicale de la FISA se manifeste particulièrement dans le secteur municipal,  scolaire et  privé. La Fédération travaille à élargir ses activités et à développer de nouveaux secteurs.

La Fédération a été fondée le 27 juin 1947 par un regroupement de syndicats d’employés municipaux alors qu’elle était une composante de la Confédération des travailleurs catholiques du Canada (CTCC), aujourd’hui devenue la Confédération des syndicats nationaux (CSN), en devenant la Fédération nationale des employés municipaux du Canada, afin de contrer l’isolement des syndicats d’employées et employés municipaux à l’intérieur de la centrale.

En mars 1960, la Fédération décide, en se séparant de la CTCC, de devenir autonome et de se doter d’une structure démocratique tout en acceptant l’intégration de syndicats du milieu scolaire. Cette décision d’offrir à ses membres des services propres à leurs besoins l’amène à opter, en 1963, pour le nom de Fédération des employés municipaux et scolaires du Québec (FEMSQ).

C’est au cours de cette période que l’adaptation des structures et des méthodes va être transformée par l’organisation régionale, l’engagement de personnel et le problème de l’information et de l’éducation.

Les conseils régionaux et leurs représentants entreprennent leurs activités, en 1962, dans les cinq régions où la Fédération est particulièrement implantée (Montréal, Mauricie, Estrie, Québec et Saguenay-Lac-Saint-Jean).

Jusqu’en 1965, la présence des femmes est limitée au sein de la Fédération alors que huit des dix-huit congrès qui ont lieu entre 1947 et 1965 se tiennent dans un univers exclusivement masculin.

Par la suite, les choses commencent à changer et la présence des femmes dans les instances s’accroît, due tant à la percée dans le monde scolaire qu’à la participation accrue des femmes au marché du travail, cette tendance va s’accentuer à partir des années 1970.

Les femmes, qui, lors du Congrès de 1973, constituaient 10 % de la délégation, dépassent maintenant les 30 % de la délégation et cette situation reflète une participation grandissante des femmes à la vie de leur syndicat. De plus, elles sont très présentes et très actives notamment au sein du secteur scolaire de la Fédération et occupent de plus en plus, dans tous les secteurs, la responsabilité de la présidence de leur syndicat local.

En 1984, les Statuts et règlements sont modifiés de manière à ce que la Fédération puisse accueillir des syndicats du secteur privé.

Au mois de mai 1990, à l’occasion de ses 30 ans d’existence à titre de fédération autonome, la Fédération des employés municipaux et scolaires du Québec (FEMSQ) accentue le nouveau virage effectué en acceptant dans ses rangs des syndicats du secteur privé et en devenant la Fédération indépendante des syndicats affiliés (FISA).

On assiste depuis à la naissance de nouveaux services, à une implication concrète en faveur de la protection de l’environnement et à l’introduction de moyens de communications favorisant une participation active des membres au développement de la Fédération.

C’est finalement le 10 mai 2000 que la Fédération devait, lors d’un Congrès spécial, modifier sa dénomination sociale pour « Fédération indépendante des syndicats autonomes (FISA) » pour que sa désignation soit plus conforme à la réalité et désigne effectivement la composition de la Fédération.